亀田製菓は、商標権侵害での訴訟提起が困難であったため、不正競争防止法で訴訟提起したものと思われます。最終的に和解となったため、訴状の内容が不明ですが、不正競争防止法2条1項か2項で提訴したものと思われます。
簡単に言いますと、
1項の要件は周知の商品等表示(包装)と類似し混同を生じさせること、
2項は著名の商品等表示(包装)と類似すること、です。
商標ではなく、パッケージを周知または著名と立証することは、困難であったと思います。
また、1項2項共に、類似が要件となりますが、赤字の「柿の種」、オレンジの背景色、赤の縁取りでは、印象としては似た感じがありますが、商標登録といった明確な権利なしに、類似の包装とまで認定させるのが困難であったのではないでしょうか。